Heinz Züllighoven studierte in den Jahren 1968 bis 1971 Elektrotechnik an der RWTH Aachen, danach Germanistik und Mathematik an der Universität Bonn bis zur Ersten Philologischen Staatsprüfung im Jahr 1977. Im Jahr 1989 promovierte er mit Auszeichnung am Fachbereich Informatik der Technischen Universität Berlin. Ab dem Jahr 1991 baute er zusammen mit seiner Doktormutter Christiane Floyd den Arbeitsbereich Softwaretechnik an der Universität Hamburg als Professor auf.

Seine berufliche Laufbahn begann im Jahr 1974 in der Gesellschaft für Mathematik und Datenverarbeitung (GMD) im Institut für Software-Technologie. In dieser Zeit war Heinz Züllighoven auch als Dozent an der TU Berlin und der Universität Hannover im Fachbereich Informatik tätig. In industriellen Kooperationsprojekten mit Unternehmen konzipierte und erprobte er erfolgreich den WAM-Ansatz. Heinz Züllighoven ist Autor zahlreicher Fachveröffentlichungen.

Nach seinem Ruf an die Universität Hamburg initiierte er das Softwaretechnik Center und dann das  Hamburger Informatik Technologie-Center e.V. (HITeC).  Er war im Jahr 1994 mit Guido Gryczan Gründer der PoS GbR und ist seit dem Jahr 1999 Gründungsgesellschafter der C1 WPS. Er leitet zusammen mit Guido Gryczan als Geschäftsführer die C1 WPS und berät die Geschäftsführung und das IT-Management großer Unternehmen.